Он был расстрелян в 1918 году во времена «красного террора» в Петропавловской крепости.
История обнаружения и идентификации останков А.Н. Рыкова поистине удивительна. Среди обнаруженных во время раскопок в Петропавловской крепости 112 человек оказался один инвалид, не имевший левой ноги и носивший протез. Фрагменты одежды, найденные в могиле, позволили утверждать, что расстрел был зимой. Обратившись к зимним номерам "Петроградской правды", печатавшей списки казненных, нашли список, в котором было 15 мужчин и 1 женщина, что совпало с данными антропологов о людях, найденных в одной могиле. Удалось выяснить, что один из 15 потерял ногу во время осады Порт-Артура. И что уж совсем замечательно – нашлись внуки Рыкова, живущие в Петербурге. Далее – была генетическая экспертиза – сравнительный анализ останков, найденных в Петропавловской крепости, с «биологическим материалом» дочери А.Н. Рыкова (пригодились некогда написанные ею письма, на которые она при помощи слюны наклеивала марки) и его внуков.
В результате исследований останки были идентифицированы со 100% точностью, и у внуков и правнуков появилась возможность отпеть своего героического деда и похоронить его в семейной могиле.
Рядом с родными, среди которых была и 98-летняя племянница Рыкова, приехавшая из Женевы, на похоронах оказались очень разные люди: сотрудники музея Петропавловской крепости, члены дворянского собрания, представители Свято-Петровского православного братства (Преображенское содружество малых православных братств), Митрофаньевского союза, движения «Белое дело» и др. – все те, кто так или иначе помогал в благом деле воскрешения памяти.
Внук Рыкова Николай Крылов говорил об удивительном Божьем промысле, свершившимся в истории их семьи: «Честно говоря, совершенно невообразимая вещь получилась. Никак мы не планировали и не думали об этом. Вот так случилось в жизни. Моя мать всё время переживала, что нет могилы отца и т.д. и т.д. Она меня попросила написать на семейном памятнике его имя. Я написал. Это промысел Божий. Так судьба распорядилась, что он попал в эту могилу; здесь его отец, мать, брат».
Участники раскопок поделились своими впечатлениями от обнаруженных в Петропавловке расстрельных ям, в которых оказались беспорядочно смешаны, засыпаны углем останки молодых и стариков, мужчин и женщин, профессоров и матросов, и выразили надежду, что вслед за Рыковым появится возможность предать земле и других жертв «красного террора».
Многие говорили о том, что большевицкий режим до сих пор не получил заслуженного юридического осуждения, что о преступлениях былых лет вопиют и названия наших улиц и равнодушие наших чиновников, которые не только не помогли устроить похороны А.Н. Рыкова, но и до последнего тянули с официальным разрешением на них.
Юлия Балакшина, сопредседатель Свято-Петровского братства, сказала о необходимости воскрешения не только памяти, но и человека, являющегося носителем этой памяти, и выразила надежду, что собравшиеся на похоронах люди, самим фактом своего единства в этом деле, являют пример возможности преодоления разрушающих и раздробляющих общество последствий советского режима.
Под пение «Вечной памяти» гроб опустили в могилу. Возложили цветы, зажгли свечи, согревшие пасмурный петербургский день своим теплым огнем. С фотографии на уходивших смотрело красивое, умное, мужественное, исполненное достоинства лицо человека, спустя сто лет обретшего упокоение в родной могиле и в памяти своих потомков. Но какой же это исключительный случай!